Единственный акционер НАО «Национальный аграрный научно-образовательный центр» - Министерство сельского хозяйства Республики Казахстан.

Миссия Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан — создание условий для повышения конкурентоспособности агропромышленного комплекса, устойчивого развития водного, рыбного, лесного и охотничьего хозяйства путем эффективного формирования, координации и реализации государственной политики.

Основными задачами Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан являются:

1) формирование аграрной политики государства, стратегических планов, государственных и иных программ и проектов в регулируемых сферах;
2) формирование основ создания конкурентоспособного сельскохозяйственного товаропроизводства, обеспечение продовольственной безопасности и мобилизационной готовности Республики Казахстан;
3) информационно-консультационное обеспечение агропромышленного комплекса;
4) осуществление межотраслевой координации и государственное управление в регулируемых сферах;
5) осуществление методического руководства деятельностью иных государственных органов в пределах своей компетенции;
6) сохранение биологического разнообразия;
7) руководство и межотраслевая координация по вопросам реализации государственной политики в сфере управления водных ресурсов, лесов, животного мира и особо охраняемых природных территорий;
8) совершенствование законодательства в области управления водных ресурсов, лесов, животного мира и особо охраняемых природных территорий;
9) совершенствование системы государственного управления в области управления водных ресурсов, лесов, животного мира и особо охраняемых природных территорий;
10) развитие международного сотрудничества в области управления водных ресурсов, лесов, животного мира и особо охраняемых природных территорий;
11) обеспечение государственного контроля в области управления водных ресурсов, лесов, животного мира и особо охраняемых природных территорий;
12) осуществление иных задач, возложенных на Министерство сельского хозяйства Республики Казахстан, в пределах своей компетенции.

Министерство сельского хозяйства Республики Казахстан имеет ведомства:

1) государственное учреждение «Комитет ветеринарного контроля и надзора Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан»;
2) государственное учреждение «Комитет государственной инспекции в агропромышленном комплексе Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан»;
3) государственное учреждение «Комитет по водным ресурсам Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан»;
4) государственное учреждение «Комитет лесного хозяйства и животного мира Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан».